脐带血血浆白膜层DNA的质量分析：流行病学研究中新生儿DNA的最佳来源？

生物样本库BS小组

摘要

背景：脐带血是获取高质量的新生儿基因组DNA的一个经济且有效的来源。然而，虽然已经收DNA质量的报道却很少。此外，对于血浆白膜层是否能替代全血，作为新生儿DNA的来源仍存在相当大的质疑。

方法：我们分别比较了全血、血浆白膜层（buffy coat）和所有细胞颗粒（all-cell pellet，ACP）三种类型样本的储存和DNA纯化费用，评估了三种不同的DNA纯化试剂盒，并选择了其中一种最合适的试剂盒纯化了1011份血浆白膜层的DNA。进一步检测了DNA的浓度和OD比值，并且使用时间-飞行质谱法分析了48个位点的单核苷酸多态性（SNP）。同时我们分析了可能会对DNA浓度和纯度有影响的8种样本分析前变量。

结果：对于样本的存储和DNA的纯化，血浆白膜层是一种最经济有效的来源。200μL血浆白膜层样品提取出的基因组DNA的平均浓度是16.01±8.00μg，足够用于实验分析。A260/A280和A260/A230的平均比值分别为1.89±0.09和1.95±0.66。99.5%以上的DNA样品通过了质谱分析。8种样本分析前变量中仅有溶血对DNA纯度有很大影响，但对DNA产量没有影响。

结论：通过我们的研究可以看出血浆白膜层可以提取出足够量满足实验条件的高质量DNA，也是基因组DNA提取的最经济有效的稳定来源。

编者按：本文研究表明，脐血白膜层提取出的DNA的浓度和纯度不易受到样本前处理因素的影响，是基因组DNA的一个稳定来源。溶血仅对DNA纯度有影响，对DNA产量并没有影响。在操作过程中如果研究者严格遵守标准操作流程，包括在采集血液样本和血液样本处理的整个过程中对时间、温度和其他条件等制定详细的规范，可以防止溶血的发生。本次出生队列研究中血液相关的操作包括近30个详细的操作步骤，帮助研究者控制血浆白膜层样本的质量，确保绝大部分样本满足研究要求。

作者：Zhou G，et al.【上海交通大学医学院】

编译：胡月【南京鼓楼医院】

校审：叶庆【南京鼓楼医院】

原文：【16078】

Quality Analysis of DNA from Cord Blood Buffy Coat: The Best Neonatal DNA Source for EpidemiologicalStudies? Biopreserv Biobank. 2016 Apr;14(2):165-71. doi:10.1089/bio.2015.0075. Epub 2016 Feb 17.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26885947